临床试验表明，最常见的是头痛和胃肠道症状如腹泻、恶心、便秘，发生率均在1-3%。

　　多见([1/100) ：

　　全身-头痛;

　　胃肠道-腹泻、恶心/呕吐、便秘、腹痛及腹胀。

　　较少发生：

　　全身-头晕、嗜睡、乏力 ;

　　中枢神经系统-睡眠紊乱、感觉异常;

　　皮肤-皮疹、瘙痒、荨麻疹 ;

　　肝脏-肝功能试验异常。

　　罕见([1/1000) ：

　　全身-多汗、周围性水肿、低钠血症 ;

　　过敏反应-血管水肿、发热及过敏性休克 ;

　　血液学-白细胞减少症、血小板减少症、粒细胞缺乏症、全血细胞减少症 ;

　　中枢神经系统(尤其是重症患者)：可逆性精神错乱、易激惹、抑郁和幻觉 ;

　　内分泌-男子女性型乳房 ;

　　胃肠道-口干、味觉异常、口炎、念珠菌病 ;

　　皮肤-脱发、光过敏、多形性红斑 ;

　　肝脏-肝性脑病(先前有严重肝病者)、黄疸性或非黄疸性肝炎、肝衰竭 ;

　　呼吸道-支气管痉挛 ;

　　肌肉骨骼-关节痛、肌痛、肌肉疲劳 ;

　　泌尿生殖系统-间质性肾炎;

　　眼睛-视力模糊。

　　有报道发现个别病例有史蒂文斯-约翰逊综合征及中毒性上皮坏死，但未确定有因果关系。

　　临床试验提示，奥美拉唑与克拉霉素联合用药可增加中枢神经系统(主要是头痛)及胃肠道不良反应的发生率。