重组蛋白疫苗是在体外表达纯化的病原体蛋白，难以保持稳定的蛋白构象表位，无法产生持续稳定的免疫反应。
 

重组蛋白疫苗的本质是外源性产生的蛋白质，通常呈现为主要组织相容性复合体Ⅱ类反应，因此重组蛋白疫苗通常不会产生强的T细胞反应。
 

为了增强疫苗的免疫原性，通常需要对比选择免疫原性较强的表位、合适的表达系统和最佳佐剂；此外，抗原蛋白空间结构复杂，表达过程中可能还需要糖化的过程，需要寻找提高表达量的技术要点。
 

重组蛋白疫苗通常要求多次接种。以重组乙肝疫苗为例，其需按照0、1、6 个月程序接种3 剂次。一般来说，接种第1 剂次后仅30%的人产生抗体且不稳定，接种第2 剂次后90%的人产生抗体，但抗体不持久且随时间推移而逐渐消退，接种第3 剂次后抗体阳性率可达95%以上且保护效果可维持在

较高水平。